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如果苹果手机上的短信被删除，并且没有使用最近删除功能，恢复已删除的短信可能会比较困难。不过，可以尝试以下方法，看能否找回部分或全部删除的短信。
1、使用iCloud备份恢复：如果之前有开启iCloud备份功能，可以在设置中找到“iCloud”选项，选择备份恢复功能尝试找回短信，但这种方法只能恢复备份时的状态，新的数据不会被包含在内。
2、使用iTunes备份恢复：如果使用了iTunes进行备份，可以通过iTunes软件来恢复备份文件，从而找回已删除的短信。
3、使用第三方软件恢复：市面上有一些第三方数据恢复软件如“数据恢复大师”等，可以尝试使用这些软件扫描手机以寻找已删除的短信并进行恢复，但使用第三方软件需要谨慎，以免对手机数据造成进一步损害或隐私泄露。
如果以上方法均无法恢复删除的短信，那么可能需要接受数据无法恢复的事实，为了避免类似情况再次发生，建议定期备份手机数据，并在删除任何重要信息之前进行确认，对于特别重要的信息，可以将其保存在其他存储设备或云端服务中，以便随时查阅和恢复。